Pokutu za neposkytnutí statistických údajů do systému INTRASTAT zaplatilo celním úřadům v Ústeckém a Libereckém kraji již téměř devadesát firem.
Od června 2004 sbírají celní úřady od zpravodajských jednotek výkazy pro Intrastat, primárně zpracovávají data a provádějí poradenskou činnost vykazujícím firmám. Jsou též oprávněny uložit subjektům neposkytujícím statistické údaje pokutu až do výše jednoho milionu korun. Firmy ale neberou hrozbu finančního postihu příliš vážně. Celní úřady zahájily se zpravodajskými jednotkami, které porušují předpisy, již přes 170 správních řízení. Jen za dva měsíce letošního roku zahájili celníci správní řízení s 54 firmami. Jedná se převážně o firmy sídlící na Mostecku a Liberecku. Nejčastějším prohřeškem bývá předložení výkazu pro Intrastat po stanovené lhůtě.
Zpravodajské jednotky, které se nechtějí stát účastníky správního řízení, musejí statistické údaje dodat do 12. pracovního dne následujícího měsíce. Za měsíc únor musí tedy předat výkaz pro Intrastat do 16. března 2005.
Výkaz lze podat písemně prostřednictvím celního úřadu nebo elektronicky pomocí programu IDES, který poskytuje Generální ředitelství cel zdarma na svých internetových stránkách. Možnost elektronické komunikace využívá dnes již téměř 80 % firem.
Vykazování statistických údajů v systému Intrastat je povinné pro všechny členské státy Evropské unie. V ČR mají povinnost vykazovat statistické údaje pro Intrastat osoby zabývající se obchodní výměnou mezi členskými zeměmi EU, jestliže fakturovaná hodnota přijatého zboží překročila 2 miliony korun a odeslaného zboží 4 miliony korun. Těmto osobám říkáme zpravodajské jednotky.